康熙元年(1662年)

◆五月初八日，鄭成功病逝于臺灣東都，時年39歲。子鄭經嗣延平王位。

◆同年，安溪縣駟嶺林木棍從臺灣帶回芒果種苗，在其家鄉洋美種植。安溪芒果由此發展。]

康熙二年(1663年)

◆六月，鄭經族叔鄭鳴駿及子率所部自金門入泉州港降清;駐南日、崇武等地的原鄭成功部將也相繼降清，官兵總計萬余人，、船只300余號。鄭經軍事力量大受影響。

◆十月，清靖南王耿繼茂、福建總督李率泰發兵攻金廈兩島。由馬得功、鄭鳴駿軍隊及荷蘭船隊出發泉州港向金門進攻，施瑯、黃梧率隊出海澄港攻廈門。鄭經部隊寡不敵眾，金、廈失守。鄭經退守銅山(今東山)。

康熙三年(1664年)

◆三月初九，泉州九虹并見。

◆三月，鄭經率師離銅山入臺灣。奉命斷后的黃廷、周全斌在云霄、漳浦降清。自鄭經掌權以來，鄭軍降清部隊達10萬之眾，戰船900號，宿將精銳十去七八。

◆六月初六和二十六日，惠安、南安、安溪、永春暴風雨，水驟漲，城中市肆廬舍傾圮無數，淹沒溺死甚眾。

◆八月十六日，荷蘭兵艦10艘、番兵千余人抵晉江安平港，擬聯合清軍，從圍頭出發攻澎湖。

◆十月初旬，慧星出現，經月乃消。為泉州歷史上首次記載慧星出現。

康熙四年(1665年)

◆五月，福建水師提督施瑯率水師攻臺，至澎湖水域，颶風大作，各船飄散不能相顧，損壞甚多，不得已而返。此后施瑯被調入京，攻臺之事暫擱。

◆八月，陳永華輔佐鄭經開發臺灣經濟，興辦教育，使臺灣經濟、文化迅速出現轉機。民心趨向安定。

康熙八年(1669年)

◆六月，清廷遣刑部尚書明珠、兵部侍郎蔡毓英至泉州，商議招撫鄭經事。七月，興化知府慕天顏入臺議和，未果。

康熙九年(1670年)

◆鄭軍安守臺灣，海峽幾年無戰事，泉屬沿海“界禁”漸寬，開始有人到界外耕種、捕魚、販運。

康熙十三年(1674年)

◆三月，靖南王耿精忠在福州叛清，執總督范承謨，控制種府縣。鄭經應耿精忠之約，率軍西渡大陸，占領廈門。

◆六月，鄭經與耿精忠失和，相繼攻取同安、泉州城、漳州城和廣東的潮州。

◆九月，耿精忠遣提督王進率步騎3萬進攻泉州，至惠安肆行焚掠。鄭經命劉國軒統兵迎戰，王進退屯楓亭。十月，劉國軒在涂嶺打敗王進，追至興化城下，大勝而歸。

◆同年，鄭經部相繼攻取南安、安溪、永春、德化諸縣。

康熙十四年(1675年)

◆正月，耿精忠遣使入泉州與鄭經修好，雙方約定以楓亭為界，“有事相援，無得侵伐”。

康熙十五年(1676年)

◆四月十六日，晉江大水，民畜溺死甚多。德化大雨，溪水暴漲，沖西南門入城，平地水忽出，瞬息淹屋，水退死尸枕藉;環山崩裂，山頂水涌如泉，半月始干涸。永春大水，民死者無數。

康熙十六年(1677年)

◆二月，清寧海將軍喇哈達復占泉州。鄭經聞訊，棄漳州入廈門，分兵守晉江東石、蚶江、祥芝及惠安崇武、獺窟沿海等地。至六月，鄭經趁三藩之亂占領的泉、漳、邵、汀、興五府之地相繼失守，損兵2萬多，在大陸沿海僅存廈門島及廣東惠、潮兩地。

◆三月十九日，龍溪縣人蔡寅自稱“朱三太子”反清，率200余人夜襲泉州。隨后在泉、之地裕餉，和議再次失敗。

康熙十七年(1678年)

◆四月，蔡寅率數千人包圍安溪縣城，后清援軍到，乃撤走投鄭經。

◆六月，劉國軒分兵屯泉州桃花山，連營東岳廟，直逼清源山，并攻奪洛陽橋。

◆七月初四，劉國軒攻入惠安縣城。同月又攻同安，清都統雅大里退入泉州城。國軒遂圍泉州城，攻南門，城墜40余丈。清兵筑短墻以守，相持兩月。國軒水陸并進，攻南京，殺守將;又攻安溪不克，轉攻永春、德化。

◆八月，清閩浙總督姚啟圣、平南將軍賴塔率軍分水陸四路援泉州，相繼重占惠安、南安、同安。鄭軍也從永春、德化退兵，泉州圍解。

康熙十八年(1679年)

◆正月，清廷在福建沿海重行“遷界”，趕逐百姓重入內地，于沿海20~30里靠近水邊險要地方添設炮臺、筑造小寨，防范鄭部隊。

◆二月，分守惠安沿海的鄭經水師五鎮蔡沖調趁回廈門之機，駕船入泉州降清。

◆同年，由于清廷的經濟封鎖和姚啟圣的招降活動，鄭氏集團在金門、廈門的統治受到瓦解，士氣動搖。至年底，鄭軍有5個陸鎮和5個水鎮約10萬余官兵降清。

康熙十九年(1680年)

◆正月，清福建水師提督萬正色率舟師大舉進攻金門、廈門。鄭經戰敗，率諸將回臺灣。

◆二月，萬正色進攻惠安崇武、秀涂。鄭經駐崇武部將朱天貴、林升率水軍船300余艘迎戰，被萬正色擊沉20多艘，撤往銅山澳。

◆五月，鄭軍水師朱天貴部兩萬余人、船300余艘獻銅山降清。沿海諸島復歸清有。

康熙二十年(1681年)

◆正月二十八日，鄭經病逝臺灣承天府。

◆二月，馮錫范與鄭經弟鄭聰等共謀，殺死鄭經長子鄭克臧，擁立鄭經次子鄭爽嗣位。

◆同月，清廷準許遷入內地的沿海百姓回祖籍地，但仍嚴禁邊民通鄭軍。

◆六月，清廷派右都督施瑯往福建，并任福建水師提督總兵官加太子少保，以“專征臺灣”。原水師提督萬正色改任陸路提督。

康熙二十二年(1683年)

◆六月十四日，福建水師提督施瑯率師從銅山出發進攻澎湖。至二十二日，澎湖守將劉國軒力戰敗潰，率殘部逃回臺灣。

◆八月十三日，施瑯率領官兵自澎湖啟航到達臺灣，鄭克爽投降，清統一臺灣。

◆十月初六日，施瑯派船遣送鄭克爽、馮錫范、劉國軒等并眷屬由臺灣至泉州。后劉國軒隨鄭克爽至北京，鄭克爽受封正黃旗漢軍公，劉國軒授天津衛左都督總兵。

康熙二十三年(1684年)

◆八月二十四日，康熙皇帝敕封媽祖為“護國庇民妙靈昭應宏仁普濟天后”。次年欽差禮部郎中雅虎等御書香帛到泉州廟致祭。康熙五十九年，欽定春秋二祭。媽祖信仰在中國沿海及海外更加廣泛傳播。

◆九月，康熙皇帝下旨解除海禁，允許“百姓制造半截五百擔以下船只，出海貿易、捕魚”。自順治十二年(1655年)開始的海禁至此結束。

◆同年，清廷設立閩海關(福建海關)，管理對外貿易和征收稅等事務。泉州府屬設立海關口館近10所，即：南門外口館、法石口館、安海口館、東石口館、馬頭山口館、廈門口館、廈門港口館、劉五店口館、鼓浪嶼口館、排樓門口館、隸屬閩海關管轄。

康熙二十四年(1685年)

◆鑾儀使林興珠(永春人)率福建藤牌兵隨都統彭春赴黑龍江收復被沙俄侵略者占領的雅克薩城，戰功卓著。

康熙三十九年(1700年)

◆康熙帝遣官護送鄭成功及子鄭經兩柩歸葬南安縣水頭鎮康店村覆船山，置守，建祠。

康熙四十七年(1708年)

◆泉州人陳賴章到臺灣貿易，約人開墾大佳臘(臺北盆地)之野，為開辟臺北之始。

康熙四十八年(1709年)

◆移居臺灣的晉江人施世榜，招集失業農民墾殖彰化東螺平原，建東螺堡，筑八堡圳水利工程。

康熙五十年(1711年)

◆春，地方官賑災不曾施及百姓，泉州一帶民眾聚集千人搶奪糧食，逃奔山中。福建陸路提督藍理率兵“進剿”。此事驚動康熙皇帝，隨即下令停止“進剿”，派大臣前往招安，并將任意扣留朝廷賑災糧的藍理職治罪。

◆同年，漳平陳五顯等率農民起義武裝2000余人攻永春、安溪、德化，后被官兵擒殺，起義失敗。

康熙五十一年(1712年)

◆清廷宣布嚴拿偷渡臺灣之人。

康熙五十六年(1717年)

◆清文淵閣大學士、安溪人李光地將康熙皇帝賜贈的“紅稻”品種在湖頭栽培獲得成功。此后，該稻品種推廣民間，在安溪全縣以至閩南一帶播種。

◆同年，清廷下令禁止與南洋貿易。泉州海商受到嚴重打擊，沿海走私貿易隨之增多。

康熙六十年(1721年)

◆四月，臺灣朱一貴起義，泉郡騷動。六月，福建水師提督施世驃(晉江人)率兵鎮壓。

◆五月，永春陳洛、鄭堅聚眾在天湖巖暴動，以響應臺灣朱一貴起義，遭官兵鎮壓而失敗，并被捕送省城殺害。

◆同年，清廷禁商人販米出海，從浙江糴米3萬石，海運貯廈門及漳、泉諸府。