7月6日晚，國臺辦主任張志軍在天津出席第九屆津臺投資合作洽談會開幕式，在談到對于臺灣當局先告知美國后通知大陸的做法時，張志軍表示，“導彈發射了之后，臺灣有關方面首先第一時間是向誰通報的?是向別人通報的情況，導彈是向大陸方面發射過來的”，“我看是臺灣有關方面有些人士到現在還是搞不清狀況。”

但據臺灣“中央社”7月6日報道，陸委會副主委邱垂正對導彈誤射通報一事表示，這是臺灣政府同步處理對外通報的作業，沒有誰先誰后的問題。

陸委會副主委建兼發言人邱垂正

根據臺媒此前報道，臺灣“外交部”在事發當天中午將相關信息告知美國在臺協會臺北辦事處官員。陸委會授權海基會，在當天下午通報大陸海協會，并請海協會轉告各單位。

陸委會副主委兼發言人邱垂正6日晚間表示，基本上政府是同步處理對外通報的作業，沒有誰先誰后的問題，通報時效還有精進空間，未來會加強。

此前，據“中央社”7月1日稱，國臺辦發言人馬曉光在回應媒體詢問是否收到陸委會相關事件通報時表示，“關于兩岸聯系溝通機制問題，此前國臺辦發言人已多次作出了說明。”當天晚間，陸委會發言人邱垂正則表示，政府已通過現有的兩岸溝通聯系機制，做了必要且妥適的處理，1日下午授權海峽交流基金會通報大陸海峽兩岸關系協會，請海協會通知相關部門，也隨即同步通報大陸國務院臺灣事務辦公室。

而臺灣“外交部”表示，1日午間，“外交部”已將該事件的所有相關資料告知美方在臺協會，美方感謝實時說明，并允諾將相關情況立即呈報白宮，也希望若獲進一步信息，能實時提供美方參考。

同時1日午間，“外交部”通過媒體訊息得知有兩名外籍漁工受傷，立即依循過往慣例主動通報馬尼拉經濟文化辦事處(MECO)及駐臺北越南經濟文化辦事處(VECO)。

此外，針對大陸近期因極端天氣造成的生命財產損害，海基會表示已兩度致函海協會，張志軍對此表示“感謝中國國民黨及臺灣各界人士表達的關心和慰問”。

據“中央社”稱，海基會在致函后，海協會有反映已經收到了，海基會在致函中提及“若有協助救災之需要，政府愿意全力協助”，大陸未有回應。