吳魯一生十分關心國家命運。當甲午(1894年)中日戰爭時，他在《請速調戰將以臨前御敵書》中提出：請皆迅調戰將，以分賊勢。在《為政而不行甚者必變而更化之仍可理也論》中指出：“治術與學術異，治術貴因時變通。”強調要以史為鑒，因時變通，進行革故鼎新。清光緒二十六年庚子八國聯軍入侵京津時，吳魯大聲疾呼，要激發民眾的愛國銳氣，加強水陸聯防。他在《請飭沿海水師互相聯絡以振全局疏》中指出：“宜以北洋為提綱，以南洋為關鍵;以陸軍扼守其要區，以水師會哨其?？?。”可惜這些建議未能被采納。但因此被主戰派推薦為總軍務。他倡議辦理民團，對義和團及其活動持有獨特的見解。在《請飭統兵王大臣部勒義和團勇與官兵長短時間》中說：“竊惟今日之義和團勇，善用之可以壯軍威，建議勒以部伍，分地駐扎，與官兵長短相間，協同作戰。則可收實效。”當八國聯軍攻陷天津時，統兵馬玉昆退守北倉，在北京東、南兩面開挖工事，并為此上書軍務處給予嘉獎。吳魯在《代軍務處大臣復馬玉昆書》中對此加以駁斥，進而提出變被動為主動的策略：“如今之計，宜合各軍，聯絡一氣，申明紀律，分路誓師，同時進取，以南路辛酉等包抄其后，以西路升元等橫擊其腰，北路則貴軍力遏其衡，克服津郡，保衛畿疆，此上策也。”

庚子之亂，吳魯困居孤城，滿懷悲愁憂憤，做《百哀詩》?！栋侔г姟贩稚舷聝删?，集中反映八國聯軍掠津京，慈禧太后挾帝出奔，人民備受凌虐的悲慘情況;同時有力鞭撻那些喪師失地、媚外辱國的奸佞之徒。吳魯對于腐敗的清廷在民窮財盡、國家將亡之際，還不思悔改振作。深感悲憤。于宣統三年(1911年)閏六月，辭職返鄉。民國元年(1912年)10月8日病逝。吳魯著有《蒙學初編》《兵學經學史學講義》《教育宗旨》《雜著》 《國恤恭紀》《文集》《讀王文成經濟集書后》《使雍皖學滇學西征東游諸日記》《正氣研齋類稿子》《正氣研齋遺詩》《百哀詩》《紙談》等，其中后四部著作曾刊印行世。

吳魯在安徽視學時，偶然間獲得一方岳飛硯，很珍惜，特地將此硯命名“正氣硯”，這硯此前曾為文天祥所得。吳魯得到后視為珍寶，特命名他的書齋為“正氣研齋”，并嚴命子孫好好保管此硯，要子孫后代以岳飛、文天祥為榜樣，忠于國家，忠于民族，做一個有氣節的人。（摘自《泉州狀元錄》）